Auch in der Tiermedizin rückt das Mikrobiom immer mehr in den Fokus der Wissenschaft. Intensiv wird geforscht, welche Auswirkungen Bakterien auf lebenswichtige Vorgänge im tierischen Körper haben. Neben dem Darm sind zum Beispiel Wirkungen auf Immunsystem, Leberfunktion, Gehirn oder auch Hormonhaushalt und Entzündungen Gegenstand der Forschung. Ist das Mikrobiom im Darm gestört, sind einzelne Bakteriengruppen oft reduziert. Andere, eher schädliche Mikroorganismen, können sich dann unverhältnismäßig stark vermehren, was wiederum negative Auswirkung auf die Tiergesundheit haben kann. Ein solches Ungleichgewicht der Bakterien bezeichnet man als Dysbiose. Diese kann zu Entzündungsreaktionen und einem daraus folgenden "Leaky Gut" Syndrom führen. Bei diesem ist die Darmwand so geschädigt, dass schädliche Bakterien und Toxine diese überwinden und so in den Blutkreislauf gelangen können. Ein ausgewogenes Mikrobiom im tierischen Darm ist also ebenso wichtig wie im Boden oder beim Menschen.

Wenn man über einen gesunden Acker läuft und in den Boden greift, hält man ein fast unglaubliches Leben in der Hand. Milliarden von kleinen, unsichtbaren Organismen besiedeln eine Hand voll Boden. In einem Gramm leben mehr Kleinstlebewesen als Menschen auf der Erde. Die verborgene Welt wird für uns meist nur durch die Pflanzen sichtbar. Denn ist das Bodenleben im Gleichgewicht und gesund, sind es die Pflanzen meist auch. Die Mikroorganismen sind an zahlreichen Prozessen im Boden beteiligt, die das Pflanzenwachstum beeinflussen. So gibt es unter anderem nährstofffixierende Bakterien oder Pilze die Pflanzen bei der Aufnahme von Nährstoffen helfen. Die Forschung rund um das Boden-Mikrobiom ist zwar noch in einem frühen Status, hat aber bereits jetzt schon wichtige Erkenntnisse geliefert. Ein gesundes Bodenleben bildet die Grundlage, wenn zukünftig weniger Pflanzenschutzmittel und synthetische Dünger verwendet werden sollen.